Pada akhir 1960-an, peran masjid sebagai pusat kehidupan umat Islam mulai disadari oleh berbagai kalangan. Awal terbentuknya DMI adalah ketika beberapa tokoh Islam berkumpul untuk membahas pengelolaan masjid secara terpusat. Pertemuan ini menjadi titik awal terbentuknya Dewan Kemakmuran Masjid Seluruh Indonesia (DKMSI) yang memicu lahirnya DMI pada 16 Juni 1970.

Pada 22 Juni 1972, rapat tim formatur secara resmi mendirikan Dewan Masjid Indonesia. Momen ini menjadi tonggak sejarah sebagai wadah koordinasi kemakmuran masjid di seluruh Indonesia. Kini DMI telah berkembang pesat dengan kepengurusan di setiap provinsi sebagai pusat pemberdayaan umat.

Setiap lima tahun, DMI mengadakan muktamar nasional. Salah satu tokoh sentralnya adalah Jusuf Kalla, Ketua Umum periode 2012-2022. Di bawah kepemimpinannya, DMI memperkuat peran strategis masjid dalam bidang sosial dan ekonomi serta menggerakkan masjid sebagai pusat aktivitas umat.

Kantor pusat DMI berlokasi di Jl. Matraman Raya No.39-41, Jakarta Timur. Tempat ini menjadi pusat administrasi dan koordinasi utama bagi seluruh program kemakmuran masjid yang dijalankan di berbagai wilayah Indonesia.